Martin Mystère ha iniziato la sua pubblicazione nell'aprile del 1982 ad opera della casa editrice Sergio Bonelli Editore.

La serie regolare di Martin Mystère ha il classico formato bonelliano gigante da 100 pagine in bianco e nero. Ha cadenza mensile fino al numero 278. Bimestrale dal numero 279 con cambio di formato e 164 pagine.

Martin Mystère Speciale: Annuale estivo pubblicato dal 1984. Ad ogni numero è allegato un libretto con argomenti "mysteriosi". Dal numero 22 (2005) allegata una storia a fumetti.

Martin Mystère Gigante: (martinmysterone) Annuale autunnale pubblicato dal 1995. Formato extra-large con storia completa. Numero di pagine variabile.

Almanacco del mistero: Annuale invernale pubblicato dal 1987. Magazine con una storia a fumetti e articoli, dossier, recensioni "Mysteriose". L'anno di uscita è antecedente di un annorispetto alla copertina: ad esempio Almanacco del mistero 2005 esce nell'autunno 2004...

Maxi Martin Mystère: 3 numeri pubblicato fino al 2006.

Martin Mystère bis: vari numeri di lunghezza doppia pubblicati in contemporanea alla serie regolare. Sono elencati nella tabella con il numero + la desinenza bis.

Storie da Altrove: (spin off) serie annuale imperniata sulle avventure della base segreta Altrove creata sulle pagine di Martin Mystere. Non c'è Martin Mystère come protagonista

Martin mystere one shot: aperiodica. Soprattutto Team-Up con altri personaggi della casa editrice.

Zona X: (spin off) serie di 45 numeri (chiusa). Conteneva serie (Magic Patrol, stirpe di Elan...) o storie libere. In alcuni casi Mystère è stato protagonista di alcune avventure "immaginarie".

Tutto Mystère: ristampa dei numeri della serie regolare dal 1 al 127 (esclusi i Bis).
Martin Mystère Extra: ristampa di racconti brevi e di alcuni numeri della serie speciale e delle storie a fumetti contenuti nei primi almanacchi del mistero.

Gli arretrati sono disponibili nel sito della Sergio Bonelli Editore.